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• 任意物种的全转录组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因或基因组信息，

能够直接对任何物种进行全面的转录组分析；

• 覆盖度高：数字化信号，直接测定几乎所有转录本片段的序列；

• 检测阈值宽：跨越6个数量级的宽检测阈值，从几个到数十万个拷贝精确计数；

• 分辨率高：可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异；

• 检测范围广：从几个到数十万个拷贝精确计数，可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。

一、无参考基因组序列的转录组

1. 基础序列信息分析

1）对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理；

2）数据产出统计及测序数据的成分和质量评估；

3）组装结果分析；

4）Unigene功能注释及COG分析；

5）Unigene的GO分类；

6）Unigene代谢通路分析；

7）预测编码蛋白框（CDS）；

8）Unigene表达差异分析；

9）Unigene在样品间的差异GO分类和Pathway富集性分析；

10）SNP分析（仅针对真核生物）；

11）SSR开发及引物设计（仅针对真核生物）。

2. 定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

无参考基因组序列的转录组测序技术流程技术流程

二、有参考基因组序列的转录组

1.标准信息分析

1）对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理；

2）测序评估；统计rRNA比例（需提供rRNA参考序列）（仅针对原核生物）

3）基因表达注释；

4）基因差异表达分析；

5）差异基因的表达模式聚类分析（仅针对真核生物）；

6）差异表达基因GO功能富集分析（仅针对真核生物）；

7）差异表达基因Pathway显著富集分析（仅针对真核生物）；

8）对基因结构进行优化（仅针对真核生物）；

9）鉴定基因的可变剪接（仅针对真核生物）；

10）新转录本预测及注释；

11）SNP分析。

2. 定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

有参考基因组序列的转录组测序技术流程技术流程

三、 链特异性转录组（需提供参考基因序列、参考基因组序列）

链特异性技术，也称 strand-specific RNA sequencing method，是一种能够区分正义链或反义链信息的方法，其对于转录组的功能分析具有十分重要的意义。

1. 标准信息分析（真核生物）

分析内容同常规转录组。

2. 标准信息分析（原核生物）

1）基因结构分析；

2）UTR注释及相关分析；

3）Promoter预测；

4）sRNA的注释及其相关分析（分析基因间区长度大于100nt的sRNA）；

5）其他（分析内容同常规转录组）。

3. 定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

四、均一化转录组

基于双链特异性核酸酶（Duplex-Specific Nuclease，DSN）的均一化文库构建技术，能够通过降低高丰度表达基因，有效地富集低丰度基因，以获得更全面的基因信息。

信息分析： 分析内容同常规转录组。

五、TruSeq微量转录组

TruSeq微量转录组测序使用Illumina TruSeq RNA Sample Prep Kit进行文库构建，可将单次构建的样品起始量降低至200ng，从而满足珍稀样本的测序需求，极大拓宽了转录组测序的应用范围。

信息分析：分析内容同常规转录组。

六、非编码RNA测序分析（需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果）

定制化信息分析：可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

一、样品要求

常规转录组测序

A. 样品类型：去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA。

B. 样品需求量（单次）：植物和真菌样品：≥20 μg；人、大鼠、小鼠样品：≥5 μg；

其他类型动物：≥10 μg；

C. 样品浓度：人、大鼠、小鼠样品：≥65 ng/μL；其它类型动物样品：≥150 ng/μL；

D. 样品纯度：真核：OD_260/280 =1.8～2.2；OD_260/230 ≥2.0；

人和动物样品：RIN ≥ 7.0

TruSeq微量转录组

A. 样品类型：去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA。

B. 样品需求量（一次建库量）：人、大鼠、小鼠样品：≥200ng；其他物种：≥1μg。

C. 样品浓度：人、大鼠、小鼠样品：≥5ng/ul；其他物种：≥20ng/ul。

D. 样品纯度：动物样品（昆虫除外）：RIN≥7.0；28s/18s

二、项目运转周期

标准流程的运转周期约为50个工作日。

三、项目合格指标

产生不低于合同规定的clean reads数。